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标题: 在线画韦恩图 [打印本页]

作者: zouquan 时间: 2016-5-4 09:08
标题: 在线画韦恩图
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

[attach]2375[/attach]

作者: Tangwei 时间: 2016-5-4 23:41
这里介绍下两种绘制wenn图的方法：

方法1，利用R语言
需要画韦恩图的文件如下所示：
#CDR3_aa count_all count_IgM count_IgA count_IgG
CARGVDAGVDYW 243 25 196 22
CARHPRNYGNFDYW 174 171 3 0
CARENTMVRGVINPLDYW 166 8 75 83
CAREASDSISNWDDWYFDLW 129 15 114 0
CARDPDNSGAFDPW 118 1 117 0
CAKDLGGYW 98 3 4 91
CAREVADYDTYGWFLDLW 95 26 68 1
CVRNRGFFGLDIW 82 0 1 81
CARRSTNYHGWDYW 80 3 2 74
此处省略一万行。
简单解释一下数据，第一列是CDR3序列，我们需要对count_IgM count_IgA count_IgG这三列数据进行画韦恩图，数字大于0代表有，数字为0代表无。
这样我们根据序列就能得出每列数据所有的CDR3序列，即不为0的CDR3序列
画韦恩图的R代码如下：
library(VennDiagram)
files=list.files(path = “.”, pattern = “type”)
for (i in files){
a=read.table(i)
individual=strsplit(i,”\\.”)[[1]][1]
image_name=paste(individual,”.tiff”,sep=””)
IGM=which(a[,3]>0)
IGA=which(a[,4]>0)
IGG=which(a[,5]>0)
venn.diagram(list(IGM=IGM,IGA=IGA,IGG=IGG), fill=c(“red”,”green”,”blue”), alpha=c(0.5,0.5,0.5), cex=2, cat.fontface=4, fontfamily=3, filename=image_name)

注：
1.以上代码来自于一个学长的推荐，据说代码来自于http://www.bio-info-trainee.com/about-page这个网站
2.我还没有实践这个方法的可行性，不过应该是靠谱的

方法2：利用在线网站绘图
1.http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

操作简单，不仅画出了韦恩图，还很贴心的给出了数据统计的结果并列出了各个部分对应的ID，且提供直接下载。缺点是颜色和大小不可调。

2.http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

这款比较漂亮，操作也很简单，但是不能根据列表大小调整生成的圆圈大小。

3.http://www.cs.kent.ac.uk/people/ ... ulerVennApplet.html

这款可以根据列表大小调节圆圈，但是需要手动输入数字，背景为比较具有冲击性的黑色

注：
1.我用的是第一个网站，十分傻瓜式，不过效果很好

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