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标题: 使用计划 [打印本页]

作者: zouquan 时间: 2016-5-5 14:22
标题: 使用计划
我想在66上安装一些常用的软件，和各个课题组自己开发的软件，以及常用的代码。方便同学们（尤其是菜鸟们）做实验。

暂时计划：（欢迎大家回帖讨论，补充）

pipeline
特殊蛋白质识别

software
MiPred （Jiang Peng's work）

机器学习
特征提取
      蛋白质
            188D（SVM-Prot，已安装）
            473D（Wei's work，已安装，不方便，使用有点麻烦，有待改进）
      RNA
            32D（Xue's work）
            98D（Wei's work）
      DNA
            n-gram
            skip-n-gram
            motif features (彭贺)
特征选择
      mRMR （已安装）
      MRMD  （万世想负责？）
分类器
      libSVM (含grid优化，pso优化)
      libD3C
      gkm-SVM
      极限学习（郭佳盛负责）
格式转换
      arff2libsvm （已安装）
      addweightforArff
数据预处理
      cd-hit （已安装）

生物网络
   katz
   catpult
   hetesim
   矩阵分解

作者: zouquan 时间: 2016-5-10 00:26
libSVM使用：
（1）pso 路径：
/Bioinformatics_Machine_Learning/Machine_Learning/classifier/libsvm/libsvm-3.21/python
命令：
python pso.py -i out.file -t 10 -n 10

（2）grid.py easy.py
我去掉了gnuplot
路径：
/Bioinformatics_Machine_Learning/Machine_Learning/classifier/libsvm/libsvm-3.21/tools

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