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标题: SRA数据下载 [打印本页]

作者: zouquan 时间: 2017-1-21 21:13
标题: SRA数据下载
SRA数据下载要用他专门的软件，具体见SRA Toolkit Documentation

1. 首先要用prefetch

我用的windows下的，linux应该类似。比如要下载SRR5130844

C:\Users\guoer\Desktop\sratoolkit.2.8.1-2-win64\bin>prefetch.exe -c SRR5130844
显示：
2017-01-21T12:58:43 prefetch.2.8.1: 1) Downloading 'SRR5130844'...
2017-01-21T12:58:43 prefetch.2.8.1: Downloading via http...
2017-01-21T12:59:34 prefetch.2.8.1: 1) 'SRR5130844' was downloaded successfully

注意啊，文件没有下载到当前目录下，而是系统默认目录下。如果是windows 10，我的保存到了
C:\Users\guoer\ncbi\public\sra 目录下

如果是linux，我猜应该是用户的目录下。

2. 下载到的sra文件用文本看不了的，需要转化成fastq格式。把刚才下载的sra文件考到bin文件夹里，然后运行

C:\Users\guoer\Desktop\sratoolkit.2.8.1-2-win64\bin>fastq-dump.exe -Z SRR5130844.sra > SRR5130844.fq
显示：
Read 693174 spots for SRR5130844.sra
Written 693174 spots for SRR5130844.sra

之后就生成fastq格式的了，可以用文本查看了。

作者: linwei 时间: 2017-3-17 17:12
SRA数据下载部分, 建议用aspera插件, 支持各种OS, 下载速度可以达到GB/s. 具体参见: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/

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