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标题: Ion Torrent的文章 [打印本页]

作者: terence 时间: 2011-7-22 19:25
标题: Ion Torrent的文章
本帖最后由 terence 于 2011-7-23 11:04 编辑

关于Ion Torrent的文章，刚出的。Ion Torrent在它的社区网站公布了它的数据。
http://www.nature.com/nature/jou ... quencing-of-g-moore

非常不错:D

Homopolymer的问题看起来还是没有很好的解决。
[attach]69[/attach]

作者: xmubingo 时间: 2011-7-22 22:14
好像是关于测序技术的，我都不太懂

作者: terence 时间: 2011-7-22 22:19
本帖最后由 terence 于 2011-7-22 22:38 编辑

嗯，今年和明年肯定会有一堆关于这个技术的bioinfo的文章出来。这个机器适合小实验室做小规模的实验，而且通量高，长度长，所以它一出来，就卖了不少台。

如果之前已经有454方面的工作，拿来做这个数据，再弄点应用，最差应该不会低于bioinformatics，关键是动作要快。

作者: zouquan 时间: 2011-7-23 09:50
太赞了，我仔细研究一下；
terence，有机会我们一起合作灌水！

作者: terence 时间: 2011-7-23 10:32

zouquan 发表于 2011-7-23 09:50
太赞了，我仔细研究一下；
terence，有机会我们一起合作灌水！

以后一定会有机会的:)

这个暑假主要在写自己的处女作，关于454的error model，用HMM做的，目前我们在haploid样本上做了snp calling仿真，在各种的 coverage 和 quality score 情况下，我们的模型的 ROC 要远好于 samtools 和 freebayes（gigabayes），atlas-snp2，varscan。

所以，这两天把数据下载下来，在训练model，看看这个数据的效果。

老板不让我碰序列拼接（编程水平太低了，呵呵）。可变剪接和调控这类的问题虽然有趣，但是对我来说太生物了，我一直觉得bioinfo是一个应用学科，脱离了应用也就失去了活力。所以，我想我会往 metagenomics （微生物）和 infectious （virus）发展。

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