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标题: 根据蛋白名搜索序列的方法（批量编程） [打印本页]

作者: zouquan 时间: 2011-4-24 18:06
标题: 根据蛋白名搜索序列的方法（批量编程）
去Uniprot；

比如要Q28298

用java读下面的URL即可

http://www.uniprot.org/uniprot/Q28298.fasta

代码如下:
try{
                        String id = "Q28298";
                        String site = "http://www.uniprot.org/uniprot/" +id + ".fasta";
                        URL url = new URL(site);
                        InputStreamReader isr = new InputStreamReader(
                                 url.openStream(), "UTF-8");
                        Thread.currentThread().sleep(500);//如果网速不好的话，这句很必要！
                        BufferedReader in = new BufferedReader(isr);
                        BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter(id+".txt"));
                        while (in.ready()) {
                              bw.write(in.readLine());
                              bw.newLine();
                              bw.flush();
                        }
                        bw.close();
                        in.close();
}
      catch(Exception ex){
         System.out.println(ex.getMessage());
         System.exit(0);
      }
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好像biojava中有现成的接口，回头有时间谁尝试一下

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