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标题: miRNA注释 [打印本页]

作者: hllysx 时间: 2013-12-10 16:05
标题: miRNA注释
本帖最后由 hllysx 于 2013-12-10 16:05 编辑

下载解压mirnaDetect
输入：fasta格式的基因序列文件（如testData中的test.txt）
输出：miRNA注释结果，gff3格式结果
首先使用乐义师兄写的软件mirnaDetect对序列注释（windows系统下），运行如下：
1，将test.txt文件拷贝到blast目录下，在doc中进入blast目录：
  (1)formatdb.exe -i test.txt -p F -o T
  (2)blastall.exe -p blastn -i mature.fa -d test.txt -o test_blastout.txt -e 0.005
  注意：“test_blastout.txt”是BLAST结果文件；“-e 0.005”用来调整一个匹配的alignment质量。
2，把test.txt和test_blastout.txt文件拷贝到mirnaDetect目录下，在doc中进入mirnaDetect目录：
  java -jar mirnaDetect.jar test.txt test_blastout.txt 0.5 4
  注意“0.5”代表libSVM的分类阀值（从0到1），阀值越高，注释到的pre-miRNA越少，但是置信度越高；outlast.txt为结果文件。
  （嘿嘿，前两步师兄软件里有英文使用说明，偶翻译了一下）
3，如果需要生成gff3文件，在上面两步后，doc中进入mirnaDetect目录：
  java -jar createGff3.jar outlast_info.txt outlast_simple.txt gff3_out.txt
  注意：“gff3_out.txt”即为gff3格式结果文件。

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