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    <title>机器学习和生物信息学实验室联盟 - 生物信息</title>
    <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=forumdisplay&amp;fid=49</link>
    <description>Latest 20 threads of 生物信息</description>
    <copyright>Copyright(C) 机器学习和生物信息学实验室联盟</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Sun, 26 Jul 2026 08:13:01 +0000</lastBuildDate>
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      <title>机器学习和生物信息学实验室联盟</title>
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      <title>nanopore三代测序分析—covid19</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=8721</link>
      <description><![CDATA[前言
现况
第三代测序技术原理主要分为两大技术阵营：
第一大阵营是单分子荧光测序，代表性的技术为美国螺旋生物(Helicos)的SMS技术和美国太平洋生物(Pacific Bioscience)的SMRT技术。脱氧核苷酸用荧光标记，显微镜可以实时记录荧光的强度变化。当荧光标记的脱氧核苷 ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>shenzijie</author>
      <pubDate>Tue, 24 Mar 2020 05:24:49 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>microRNA-mediated disease comorbidities</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1551</link>
      <description><![CDATA[论文所用代码和数据的网址：https://github.com/ChengF-Lab/mpDisNet

数据包含：disease-gene, mirna-gene, disease-gene, PPI数据等。]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>banxia</author>
      <pubDate>Tue, 30 Oct 2018 13:17:35 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>BENCH: 多序列比对参考数据集及评分方法</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1468</link>
      <description><![CDATA[BENCH（http://www.drive5.com/bench/）是一个多序列比对（Multiple sequence alignment，MSA）参考数据集，包含11个蛋白质MSA数据库和2个DNA MSA数据库，及参考比对结果（即比较理想的比对结果，你的比对结果与此越相似，则评分越高）。BENCH的优点是收录了比较多的常 ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>shixiang</author>
      <pubDate>Thu, 07 Sep 2017 03:12:13 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Matlab Compiler Runtime与tomcat应用于matlab和java混编及网站开发</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1465</link>
      <description><![CDATA[Matlab Compiler Runtime（MCR）
]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>xingpengwei</author>
<enclosure url="/forum/MCR ..." length="" type="image/jpeg" />      <pubDate>Wed, 19 Jul 2017 14:20:56 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>参数设置低于0.4下的CD-HIT</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1464</link>
      <description><![CDATA[CD-HIT自今年上半年的更新起，已支持阈值参数设置低于0.4。参数低于0.4情况下要用psi-cd-hit.pl命令，这个命令通过blast+来代替它原来的k-mer比对序列，摆脱限制。因此，要使用这条命令，需要提前安装blast并将安装路径加入PATH变量。

1. 安装blast+并将其加入PATH变 ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>shixiang</author>
      <pubDate>Mon, 17 Jul 2017 04:04:55 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于weka KnowlegeFlow的使用</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1463</link>
      <description><![CDATA[之前有一篇讲了批量处理评估保存结果，批量保存特征，这篇来讲一讲使用weka KnowlegeFlow批量实现多分类器的评估或者其他功能，替新生们提高一下效率，踩踩坑！
]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>xingpengwei</author>
<enclosure url="/forum/
" length="从图可以看出这个流图加载了一个arff文件分别用三个分类器进行了10交叉 ..." type="image/jpeg" />      <pubDate>Sat, 24 Jun 2017 07:03:50 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>关于小改libsvm的功能，方便一键网格、输出各项指标、matlab接口修改等</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1462</link>
      <description><![CDATA[为了方便使用对libsvm包进行了小改，过程如下：
]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>xingpengwei</author>
<enclosure url="/forum/

" length="值得注意的是根据学长的代码输入的二分类label应该为+1和-1，如果你用weka的arff转的libsvm文件的话，label一般为0和1（0正1负）这样根据代码 ..." type="image/jpeg" />      <pubDate>Sat, 24 Jun 2017 06:23:15 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>【新生指南】Matlab StackAutoEncoder和Deep Belief Networks的使用调参和批处理</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1461</link>
      <description><![CDATA[本帖只针对新生尽快熟悉工作做参考，我会写得啰嗦些，大神绕道 。

]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>xingpengwei</author>
      <pubDate>Sat, 24 Jun 2017 05:56:49 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>序列文本行末LF, CR, and CRLF的平台差异性及处理</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1443</link>
      <description><![CDATA[生物信息涉及很多序列文本的处理，例如fasta格式的文件，特别涉及不同平台间传递处理文本时，文末的回车换行符(Carriage-Return Line-Feed 回车换行,CRLF的意思就是回车(CR, ASCII 13, \\r) 换行(LF, ASCII 10, \\n))容易引起一些问题。
]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>xingpengwei</author>
      <pubDate>Mon, 10 Apr 2017 11:03:51 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>SRA数据下载</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1421</link>
      <description><![CDATA[SRA数据下载要用他专门的软件，具体见SRA Toolkit Documentation

1. 首先要用prefetch

我用的windows下的，linux应该类似。比如要下载SRR5130844

C:\\Users\\guoer\\Desktop\\sratoolkit.2.8.1-2-win64\\bin&gt;prefetch.exe -c SRR5130844
显示：
2017-01-21T12:58: ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>zouquan</author>
      <pubDate>Sat, 21 Jan 2017 13:13:48 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>随机分割不平衡数据，形成平衡数据集</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1295</link>
      <description><![CDATA[在处理不平衡数据时有很多方法，例如随机抽取反例与正例形成平衡数据。99服务器上的小脚本etract_unbalance.py可以帮助研究者快速做到这些。

假设：正例有100个，反例有1000个的不平衡数据文件。该程序可以从反例中随机抽取与正例数目相等的反例与正例组成小的平衡数 ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>shixiang</author>
      <pubDate>Wed, 31 Aug 2016 14:58:22 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Linux版RNAfold安装方法</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1220</link>
      <description><![CDATA[1. 下载ViennaRNA package，这个包里包含有RNAfold。

下载地址：http://www.tbi.univie.ac.at/RNA/

2. 如果下载的是打开putty窗口，输入如下命令。

首先，解压：
tar -zxvf ViennaRNA-2.2.5.tar.gz

其次，到软件的目录下： 
cd ViennaRNA-2.2.5

最后， ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>RockRabbit</author>
      <pubDate>Sat, 07 May 2016 03:13:34 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>SVMPrat--用于预测蛋白质标注</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1214</link>
      <description><![CDATA[http://cs.gmu.edu/~mlbio/svmprat/

谁试试？写个使用文档我有奖。]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>zouquan</author>
      <pubDate>Sun, 24 Apr 2016 11:31:18 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>使用PSI-BLAST查询蛋白质序列，统计混淆矩阵</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1204</link>
      <description><![CDATA[准备工作：
1. Java开发环境
2. 装有Blast-2.2.28版本的PC或服务器（这里使用206服务器）
3. CD-HIT聚类后得到的fasta蛋白质序列文件pos_TATA90.fasta；neg_TATA90.fasta

步骤：
1. 将使用CD-HIT聚类之后的正反例fasta文件（pos_TATA90.fasta；neg_TATA90.fasta ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>shixiang</author>
      <pubDate>Thu, 24 Mar 2016 03:16:58 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>阿里云Ubuntu-14.04 64位 安装BLAST2.2.21步骤</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1177</link>
      <description><![CDATA[准备：blast-2.2.21-x64-linux.tar.gz；一台linux服务器

1. 上传blast-2.2.21-x64-linux.tar.gz至/usr/local/blast

2. 解压缩：tar zxvf blast-2.2.21-x64-linux.tar.gz -C /usr/local/blast/blast-2.2.21/bin

3. 修改环境变量：
    3.1 vi打开文件：vi /etc ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>shixiang</author>
      <pubDate>Wed, 11 Nov 2015 02:34:38 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>WTCCC中的数据处理</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1173</link>
      <description><![CDATA[]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>zouquan</author>
      <pubDate>Sun, 01 Nov 2015 00:59:20 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>转载： 如何成为顶级生物信息学家</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1171</link>
      <description><![CDATA[http://blog.sciencenet.cn/blog-404304-834869.html]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>RockRabbit</author>
      <pubDate>Tue, 20 Oct 2015 12:15:43 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>MRMD降维+weka验证+寻找最优分类</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1164</link>
      <description><![CDATA[1. 背景
MRMD是一种对蛋白质序列特征向量降维的方法。但是在实际的蛋白质分类工作中，难以确定究竟在哪个维度下能够得到最精确的分类结果。因此，在魏乐义师兄工作基础上对测试维度程序进行了删改，谢师兄支持。首先借助MRMD对训练集进行降维，再通过这个降维信息对测 ...]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>shixiang</author>
      <pubDate>Sat, 10 Oct 2015 02:11:55 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>用于DNA序列的深度学习包</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1163</link>
      <description><![CDATA[https://github.com/davek44/Basset?url_type=39&amp;object_type=webpage&amp;pos=1

论文见：
http://biorxiv.org/content/early/2015/10/05/028399]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>zouquan</author>
      <pubDate>Wed, 07 Oct 2015 12:01:41 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>miRNA 提取特征程序</title>
      <link>http://123.57.240.48/forum.php?mod=viewthread&amp;tid=1108</link>
      <description><![CDATA[]]></description>
      <category>生物信息</category>
      <author>小疯纸一枚</author>
      <pubDate>Sun, 28 Dec 2014 14:56:33 +0000</pubDate>
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