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http://www.cs.utexas.edu/users/dml/Software/cocluster.html
一个双聚类软件(也可以用来做单聚类)，可用。已安装在70服务器/home/zouquan/geneexpress目录下
注意事项：输入数据的第一行要写上多少行、多少列，用空格隔开，比如：（test.txt）
6 6
54 54 42 0 0 0
54 54 42 0 0 0
0 0 0 42 54 54
0 0 0 42 54 54
36 36 28 28 36 36
36 36 28 28 36 36
运行命令：./Cocluster- -A e -C 3 -R 3 -E 1 -I d t test.txt -O c b 1 o output.txt
输出结果每3行是一组聚类
第一行是几乘几
第二行和第三行分别是行标和列标
参考文献：
Co-clustering of Human Cancer Microarrays using Minimum Sum-Squared Residue Co-clustering, H. Cho and I.S. Dhillon, IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (TCBB), vol. 5:3, pages 385-400, July 2008.
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发表于 2013-3-31 14:29:29
