张谋钊-2016.8.26组会-基于多目标进化的进化树重建算法及其并行化

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标题：张谋钊-2016.6.13组会-并行多目标进化算法

摘要（简介）：
        1. 多目标进化算法：NSGA-ii
        2. 目标函数：最大简约法、最大似然法
        3. 用距离法(BIONJ)配合交叉和变异产生新个体
                （1）交叉变异针对于距离矩阵，产生的距离矩阵由BIONJ进行生成该距离矩阵对应的进化树。
                （2）交叉算子：对于选定的两个父代矩阵，每行都以0到1随机数作为概率进行交换
                （3）变异算子：任意选取矩阵中的元素进行服从gamma分布的变异
        4. 针对于树的变异：NNI、SPR、TBR
        5. 并行模型：主从模型；将评价、优化、进化树生成，三个操作加入外部从节点并行。遗传操作加入内部从节点并行
        5. 集群架构：openMP和MPI混合
               
参考论文：
【1】Santander-Jimenez S, Vega-Rodriguez M A. Parallel Multiobjective Metaheuristicsfor Inferring Phylogenies on Multicore Clusters[J]. IEEE Transactions on Parallel & Distributed Systems, 2015, 26(6):1-1.（文章链接）
【2】Gascuel O. BIONJ: an improved version of the NJ algorithm based on a simple model of sequence data.[J]. Molecular Biology & Evolution, 1997, 14(7):685-95.（文章链接）
【3】Goeffon A, Richer J M, Hao J K. Progressive tree neighborhood applied to the maximum parsimony problem.[J]. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology & Bioinformatics, 2010, 5(1):136-45.（文章链接）

报告PPT：