本帖最后由 hsc 于 2012-4-17 18:18 编辑
鉴于好多人不知道Biojava是干嘛的，我这里把文档中提供的功能列一下。
如何得到DNA,RNA或蛋白质的成分表？
如何用自定义的标记建立自定义的成分表?
如何建立杂交产物成分表(cross product alphabet),例如密码字成分表(codon alphabet)?
如何从杂交产物成分表(cross product alphabet)中分解出他们的组成标记(component symbol)?
如何判别两个成分表或两个标记是否相同?
如何建立一个多义标记(ambiguous symbol),例如Y或R?
如何从字串中创建一条序列对象以及将其写回一条字串?
如何从一条序列中得到子序列?
如何将一条DNA序列转录成一条RNA序列？
如何改变序列的名字？
如何编辑一条序列?
如何将一条DNA或RNA或标记链翻译成蛋白质?
如何将单个密码子翻译成单个氨基酸？
如何使用非标准的翻译表？
如何将一条序列以Fasta格式输出？
如何从一个Fasta文件中读取序列？
如何读取一个GenBank,SwissProtm,EMBL文件？
如何将ABI序列转化为BioJava序列?(待测试)
如何列出序列中的注释？
如何根据物种属性过滤序列？
如何定制一个点位置(PointLocaiton)？
如何定制一个范围位置(RangeLocation)？
如何处理环状位置？
如何创建一个特征？
如何根据类型来筛选特征？
如何从序列中删除特征？
如何设置一个BLAST解析器解析BLAST结果？
如何设置一个FASTA解析器解析FASTA搜索结果？
如何从搜索结果中提取信息？
如何计算序列中的残基数？
如何将计数转化为一个分布？
如何从一个分布得到一条随机序列？
如何计算一个分布中的信息量或熵？
如何能找到一种简单的方法来判断两种分布是否具有相同的权重?
如何对一个自定义的成分表创建一个N阶分布(order N distribution)?
如何将一个分布以XML格式输出?
如何使用一个权重矩阵来寻找一个模体？
如何创建一个隐马模型序列谱(Profile HMM)?(待测试)
如何建立一个自定义的隐马模型(HMM)?
如何以树状结构展示特征和注释？
如何图形化一条序列?
如何展示序列标尺？
如何图形化一个特征？
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发表于 2012-4-17 17:54:46
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