基因表达数据分类聚类相关资料（持续更新）

zouquan

有待整理，但可用的数据
http://perso.telecom-paristech.fr/~gfort/GLM/Programs.html
http://llmpp.nih.gov/lymphoma/data/rawdata/
http://www.cancerinstitute.org.a ... ogy-groups/melanoma
http://www.ihes.fr/~zinovyev/princmanif2006/

zouquan

http://bib.oxfordjournals.org/content/14/3/279.full.pdf+html
biclustering综述
Briefings in Bioinformatics 2013最新论文

zjcdm

声明：本帖只是对mRNA特征选择程序的使用进行介绍，没有对原理方法深究。
出处链接: http://penglab.janelia.org/proj/mRMR/
1、输入文件格式要求：
        程序的输入文件格式必须是CSV文件。
2、输入内容的格式要求：
        CSV文件的内容形式是第一行是以类别特征开始的特征变量名，特征变量名之间用 “，” 隔开，不能有其它的字符。下面每一行都是对应特征变量名的特征值一样用逗号隔开。
        ！！！注意的是，特征变量的第一个必须是类别（就是你的分类的标号），这跟我们平常arff文件的习惯不一样。
         例子： http://penglab.janelia.org/proj/mRMR/test_lung_s3.csv
3、该特征选择方法提供在线版本，但是有所限制，文件大小不能超过2M，特征变量的个数不能超过10000，选择的特征不能超过200。如果受限的话自己下作者源程序使用。
4、这里介绍作者提供的C++版本的程序的使用。
     命令是：./mrmr -i input.csv -t thresholds -n fea_num -m method -s max_example -v max_variables
     解释：input.csv是出入的文件。           
               thresholds默认是9999，这个变量的作用是类似定义一个区间，在该区间里面的例子得分是一样的。
               fea_num是要选择特征的个数，作者的程序设置为最多是500。要注意如果没有改作者的程序的话如果运行程序的fea_num大于500全部设置为500。如果需要增加特征个数，要改mrmr.cpp文件，将文件中874和875行注释掉，然后将951行的poolFeaIndMax改为nfea，这样重新编译之后，就可以随意设置选择要选择的特征个数。（编译方法见下面）
               method的值只有两种"MID"和“MIQ”。
               max_example是文件例子的最大值，默认是1000。
               max_variables是特征变量的最大个数，默认是10000.
5、如果有自己改程序，就要重新编译。确定自己机器有C++编译器后，用下面的命令：
      make -f  mrmr.makefile clean
      make -f mrmr.makefile
      然后就可以用命令（见4） ./mrmr ......运行了

     如果有什么不对或者不足的地方，欢迎各位补充和指正。谢谢。