记2016北京大学现代生物数学暑期学校

shixiang

感谢老师提供的宝贵机会，五月份在老师推荐下申请了2016北京大学现代生物数学暑期学校，六月份通过了筛选，七月份就来上课了，时间是7月11号到22号，中间有个学术会议：2016年“数学与生物的交叉”国际研讨会。我提前安排好了住宿，准备好了报到文件，因此到学校后一切顺利。

这是胸牌：



这是农园餐厅一楼的午餐，竟然要12.5软妹币，后来大家推荐去艺园餐厅吃，就很实惠了：）



这是艺园餐厅的午餐，仅8元软妹币：




第一天下午2点上课，我提前半小时到，嗯，位置竟然不多了，可能是上午下课后同学们就没走。下午的课程是匹兹堡大学的Jianhua Xing教授（简称Dr. Xing）的《Modeling of Molecular and Cellular Systems》，后五天每天下午都有，每天两节课。课程开始，Dr. Xing自我介绍96年北大毕业，刚开始是做物理化学，后来是分子化学，再后来是生物化学，现在是生物信息学（互联网的发展改变人生轨迹啊）。接着，Dr. Xing讲了六点做学术的general建议：
1. Have passion & curious;
2. Be systematic, organized & pay attention to details;
3. Avoid being trapped by details;
4. Work with experimentalists;
5. Have phsical insight respect data (you are NOT playing numbers);
6. Be persistent, skeptical & honest.

这几点说的都很重要，但是感觉能做到的学生还是很少。其间，Dr. Xing举出很多生动的例子，从爱因斯坦到诺贝尔奖获得者，再到他身边的朋友，中文说的不是很溜，于是中英穿插着说，听者完全能接受。然后，开始讲述关于细胞的基础计算知识，涉及DNA到mRNA的转化宏观数学表达，影响因素，mRNA到蛋白质的转化宏观数学表达等等，当然，有练习题用于学生更好地理解。

例如这样：



课件看起来是LaTeX排版的，看着很舒服：




今天是第二天，下午是Dr. Xing授课，应我们想要他推荐入门Systems Biology的书籍，于是他推荐了Uri Alon的《Introduction to Systems Biology》和Rob Phillips等人的《Physical Biology of the Cell》，其中Uri Alon的书有点outdated，但是入门依旧是最佳选择。我看到他的视频在You Tube上也有很多。再就是Dr. Xing讲述了他的paper中运用到的数学公式推导，知道大意，但是不明白出了他的论文，这些推导是否有普适性，这个有待在明天他的课上做进一步探讨。上午是来自加州大学欧文分校的Maksim Plikus老师，英文讲授《Biology of Stem Cells and Applications in Medicine》，这个讲的就很基础了，没有太多数学，干细胞的东西我们高中理科都是必修，理解起来毫无压力，PPT也做的很容易理解，期待他后面有前沿性的东西。

课程电子资料、纸质资料、涉及到的paper都不少，等这周课程结束，我打包发到这里。

zouquan

赞，老师大部分是英语讲还是汉语讲？

shixiang

上午的Maksim Plikus老师是全英文授课，同学回答问题也都很积极踊跃，围绕Stem Cells讲了各个种类的干细胞相关的医疗临床应用，研究起源与背景，是纯生物学家；下午的Dr. Xing老师是生物信息学方向的，就有很多数学推导，很注重paper，paper就是讲义，中英穿插着讲述，很精彩

shixiang

本周上午，我们学习了来自加州大学欧文分校Qing Nie老师的《Spatial modeling of Stem Cells and Development Biology》，他的教学方式挺不错的，同样，paper就是讲义，很多相关的paper先发给学生阅读，第二天分小组讨论，同学们推选出擅长表达的小组分析：

1. What are the main biological questions studied in each paper?
2. What is the main modeling approach each paper used?
3. Which paper do you like more: A or B in terms of the modeling approach?
4. Why? (Assuming A is a better paper in your opinion).
5. List three strengths of A? What aspects can be improved?
6. What are the main reasons you don’t like B?
7. What are the weakness of the modeling approach in B? Can the flaws be fixed?
8. If you write the paper to address the same biological questions in either A or B, what modeling approach will you prefer to use?

我们组没有被选中，因此就在下面讨论了。。。

周末workshop合照：




本周下午，我们学习了来自埃默里大学Zhaohui Qin老师的《Statistical models for NGS data analysis》，额，他全程是用中文讲下来，同学们听课终于不那么懵逼了。。统计模型中他介绍了贝叶斯方法模型，分层模型和隐马尔科夫模型，之前我之前有参加全美数学建模的经验，因此也都接触过，用在生物学上倒也是头次接触。

对这些课程有兴趣的同学，我将这两周的电子课件传过来，大家无需积分自由下载（Maksim Plikus讲干细胞发展的没有电子课件昂~）。
百度云下载链接：http://pan.baidu.com/s/1dEGUoZB 密码：ae44