服务器安装软件

zouquan

1. Java环境：
版本：jdk1.8.0_65
路径：/usr/local/src/jdk1.8.0_65

2. Tomcat：
版本：apache-tomcat-8.0.28
路径：/usr/local/src/tomcat

3. Blast
版本：blast-2.2.21
路径：/usr/local/src/blast-2.2.21

4. Blast+
版本：ncbi-blast-2.2.28+
路径：/usr/local/src/ncbi-blast-2.2.28+

5. RNAfold
版本：ViennaRNA-1.6.1
路径：/usr/local/src/ViennaRNA-1.6.1    /usr/local/bin

6. psipred
没写到系统变量中？
版本：psipred3.3
路径：/usr/local/src/psipred3.3

7. R
版本：R-3.2.5
路径：/usr/local/src/R-3.2.5


其他我用apt-get安装的有：unzip（160506），gfortran(160516), libreadline6-dev(160516),  libxt-dev(160516), yum(160516), screen(160601)

zouquan

20160601，将java写到系统变量，所有用户都可以用java了。

在/etc/profile 文件的最后添加

export JAVA_HOME=/usr/local/src/jdk1.8.0_65
export PATH=$PATH:/usr/sbin:$JAVA_HOME/bin
export CLASSPATH=.:$JAVA_HOME/jre/lib:$JAVA_HOME/lib:$JAVA_HOME/lib/tools.jar

然后运行 #source /etc/profile