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SRA数据下载

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楼主
发表于 2017-1-21 21:13:48 | 只看该作者 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
SRA数据下载要用他专门的软件,具体见SRA Toolkit Documentation

1. 首先要用prefetch

我用的windows下的,linux应该类似。比如要下载SRR5130844

C:\Users\guoer\Desktop\sratoolkit.2.8.1-2-win64\bin>prefetch.exe -c SRR5130844
显示:
2017-01-21T12:58:43 prefetch.2.8.1: 1) Downloading 'SRR5130844'...
2017-01-21T12:58:43 prefetch.2.8.1:  Downloading via http...
2017-01-21T12:59:34 prefetch.2.8.1: 1) 'SRR5130844' was downloaded successfully

注意啊,文件没有下载到当前目录下,而是系统默认目录下。如果是windows 10,我的保存到了
C:\Users\guoer\ncbi\public\sra  目录下

如果是linux,我猜应该是用户的目录下。

2. 下载到的sra文件用文本看不了的,需要转化成fastq格式。把刚才下载的sra文件考到bin文件夹里,然后运行

C:\Users\guoer\Desktop\sratoolkit.2.8.1-2-win64\bin>fastq-dump.exe -Z SRR5130844.sra > SRR5130844.fq
显示:
Read 693174 spots for SRR5130844.sra
Written 693174 spots for SRR5130844.sra

之后就生成fastq格式的了,可以用文本查看了。
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沙发
发表于 2017-3-17 17:12:33 | 只看该作者
SRA数据下载部分, 建议用aspera插件, 支持各种OS, 下载速度可以达到GB/s.  具体参见: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK242625/
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