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EVM,标注软件

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发表于 2012-10-18 19:23:36 | 只看该作者 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
EVM:http://evidencemodeler.sourceforge.net/

我们实验室已经安装在70服务器的usr/local/share/EVM_r2012-06-25 目录下,基本运行方法是到simple_example目录下运行runMe.sh



其思想是把注释中相冲突的部分,按照权重去掉权重差的注释。

      但对protein、exon、ncRNA等标注还需要自己先标注成gff3格式(blast的输出格式是可以转成gff3的)。

      这些标注他推荐使用Augustus, GeneID, SNAP, Fgenesh, genemarkHMM, and glimmerHMM 这几个软件,当然我们还可以向里面添加软件,比如ncRNA的挖掘软件(如tRNAscan-SE)。

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