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标题: EVM，标注软件 [打印本页]

作者: zouquan 时间: 2012-10-18 19:23
标题: EVM，标注软件
EVM：http://evidencemodeler.sourceforge.net/

我们实验室已经安装在70服务器的usr/local/share/EVM_r2012-06-25 目录下，基本运行方法是到simple_example目录下运行runMe.sh

其思想是把注释中相冲突的部分，按照权重去掉权重差的注释。

但对protein、exon、ncRNA等标注还需要自己先标注成gff3格式（blast的输出格式是可以转成gff3的）。

这些标注他推荐使用Augustus, GeneID, SNAP, Fgenesh, genemarkHMM, and glimmerHMM 这几个软件，当然我们还可以向里面添加软件，比如ncRNA的挖掘软件(如tRNAscan-SE)。[attach]1082[/attach]

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