生物信息学基础读物

zouquan

1. <生物信息学札记>，这本书比较基础，涉及的生物、算法都比较简单，建议最先阅读。

下载地址：http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant/courses/Bioinformatics_note_V.2.htm

2. 清华大学暑期学校视频教程。http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/GSSBC07/

这个教程非常好，刚开始看可能会有些难，建议多看几遍。（如果不是教育网，可能会卡，或连不上）

重点推荐：SS01，SS07，SS12之Runsheng Chen，Xuegong Zhang: The Applications of Pattern Recognition in Bioinformatics with Several Examples。

另外，其他的讲座也不错，但是可能会难一些。

3. 《计算分子生物学导论》，这本书我觉得偏算法、偏难，而且研究的的课题有些老。不过里面的思路对研究很有启示，就是可能会花费很长时间来读。

4. 书有一本《生物信息学与功能基因组学》http://0.book.baidu.com/weilan/m0/w86/h1/4b0fbc2c5b8f.1.html

这本书讲的较好，但是比较贵（将近100元）。

    最后提一点建议：这东西跟学编程序差不多，看书总是浮于表面的。设定一个任务，在完成的过程中查找、学习，效果会更好。

xmubingo

提供《基础生物信息学及应用》《生物信息学札记（第3版）》下载

http://59.77.16.75/documentation/

zouquan

terence 发表于 2011-7-18 19:07
我也来推荐三本，一本waterman的《Introduction to Computational Biology》，水侠在序列分析领域做了非常多 ...

赞，上学的时候看过前2本，不过只是蜻蜓点水。有些难，呵呵

不过follow Durbin和Li Heng确实大有作为！

terence

我也来推荐三本，一本waterman的《Introduction to Computational Biology》，水侠在序列分析领域做了非常多的奠基性的工作，这本书介绍了序列分析，尤其是统计分析的主要思想。
另一本是Richard Durbin的《Biological sequence analysis：probabilistic models of proteins and nuclei acids》，这本书是我最爱不释手的，Durbin是下一代测序领域非常重量级的领袖，尤其他的弟子Heng Li更是与他做了很多开创性的工作。这本书从动态规划入手，然后扩展至有限状态机，再进一步发展到HMM，非常系统的介绍了HMM建模的思想。学会了动态规划和HMM的精髓，基本上可以在Bioinfo领域做出很有影响力的工作。
第三本是《Algorithm on sequence》这本书讲了suffix tree，suffix array，local sensitive hashing等技术，是做新一代测序技术的assembly、mapping的基础。

xmubingo

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<生物信息学札记>有第三版http://ibi.zju.edu.cn/bioinplant ... rmatics_note_V3.htm