本帖最后由 小疯纸一枚 于 2013-12-7 19:12 编辑
任务描述：
对 http://59.77.16.70/JBrowse-1.9.5/ 进行注释 ，就是把gff3当输入文件，在browse上展示出来
1、对mRNA注释，这个最简单，有现成的gff，见附件，名字叫“gene”
2、对miRNA注释，你把fasta序列准备好，让魏乐义和胡玲玲给你搞定gff3， 名字叫“miRNA”
3. 对tRNA注释，用附件软件，我在75上试过，好使。名字叫“tRNA”
可能遇到的问题：
当输入bin/faltfile-tojson.pl --gff data/XXX.gff3 --tracklabel XXX
或者 bin/prepare-refseqs.pl --fasta data/XXX.fa 会出现
这时候就要更新perl 版本
下载最新版本http://www.perl.org/get.html
perl-5.18.1.tar.gz
依次执行命令
tar zxvf perl-5.18.1.tar.gz
cp perl-5.18.1
mkdir /usr/local/perl
./Configure -des -Dprefix=/usr/local/perl
make
make test
make install
cd /usr/bin
rm -rf perl
ln -s /usr/local/perl/bin/perl perl
然后perl 就更新完毕， 然后就不会出现上述错误，然后可能会缺失perl模块，然后可以到CPAN上去下载
需要的模块。
--1,2> 现在有一堆的gff文件（例如从tRNAscan-out输出转换来的gff,如何转换后文有交待），这些gff所对应的序列文件分散在Orange下面的jiazhao1,2,3个文件夹中，- #!/bin/sh
- filelist=`ls /backup2/wwwroot/JBrowse-1.9.5/Orange/jiazhao2_gff3`
- for file in $$filelist
- do
- cd /backup2/wwwroot/JBrowse-1.9.5/Orange/jiazhao2/$${file}
- pwd
- /backup2/wwwroot/JBrowse-1.9.5/bin/flatfile-to-json.pl --gff /backup2/wwwroot/JBrowse-1.9.5/Orange/jiazhao2_gff3/$${file} --tracklabel tRNA
- pwd
- done
- #filename=`basename $$file`
- # for file1 in `ls /backup2/wwwroot/maoyaozong/gff`
- # do
- # filename2=`basename $$file1`
- # if [ "$$filename2" = "$$filename" ]
- # then
- # echo "$$file" >> result2
- # else
- # echo "the file1 is $$filename and the file is $$filename2"
- # fi
- # done
- done
---3>对tRNA的标注软件是tRNAscan-SE， 软件描述：
- identifies transfer RNA genes in genomic DNA or RNA sequences The program is invoked by giving it a series of optional command
- line parameters,then a list of one or more sequence files written in the FASTA format .
- tRNAscan-SE [-options] FASTA_file(s)
- -o file
- : save final results in file
- Specifiy this option to write results to file rather than standard output
已经在70安装了tRNAscan-SE 安装tRNAscan-SE 的方法，解压，然后make
安装tRNAscan-SE出现错误conflicting types for ‘getline’ 原因是某个getline函数定义和已经有的getline函数重名了。 错误信息： sqio.c:238:1: error: conflicting types for ‘getline’ In file included from sqio.c:27:0: /usr/include/stdio.h:677:18: note: previous declaration of ‘getline’ was here make: *** [sqio.o] Error 1 修改sqio.c 将其中的getline换个名字 get_line 就可以了！ 方法： 用vi 打开sqio.c文件 然后来一个：1，$s/getline/get_line/g
现在有了tRNAscan-SE的输出文件假设命名为 tRNA.out, 这个不是gff3文件，需要捣鼓成gff3文件，可以参考gff3文件各个字段的含义，以及 tRNA.out各个字段的含义，自己写代码进行转换。
http://bio-spring.info/wp/?tag=gff3 这个是gff3 各个字段含义的解释
这个是tRNA.out各个字段的含义：
可以自己写代码转换：
这里有一个现成的，如果有错请指出谢谢，最好还是自己写比较保险 - import java.io.BufferedReader;
- import java.io.BufferedReader;
- import java.io.BufferedWriter;
- import java.io.File;
- import java.io.FileNotFoundException;
- import java.io.FileReader;
- import java.io.FileWriter;
- import java.io.IOException;
- public class covert_gff3 {
- //用来把tRNAscan_SE的输出文件转化成JBrowse可以用的gff3格式
- /**
- * @param args
- * @throws IOException
- */
- public static void main(String[] args) throws IOException {
- // TODO Auto-generated method stub
- BufferedReader tRNA_read=new BufferedReader(new FileReader("zoutRNA.out"));
- String line=tRNA_read.readLine();
- // System.out.println(line);
- while(line.charAt(0)!='-'){
- line=tRNA_read.readLine();//当不是---------行的时候一直往下读
- }
- line=tRNA_read.readLine();//读取第一行数据
- String last_name="maoyaozong";
- while(line!=null){//当字符串里面有东西的时候
- String [] element = line.split("\\s+");//把每一行里的元素都分隔开来
- //System.out.println(element[0]+" "+element[1]+" "+element[2]); 测试用的因为有的是两个空格
- if(!last_name.equals(element[0])){//如果和上一行的名字不相等就说明是一行新的序列
- BufferedWriter bw=new BufferedWriter(new FileWriter(element[0]));
- bw.write("##gff-version3");
- bw.newLine();
- bw.flush();
- bw.write(element[0]+"\t"+element[1]+"\t"+"tRNA"+"\t"+element[2]+"\t"+element[3]+"\t"+element[8]+"\t"+"-"+"\t"+"."+"\t"+"ID="+element[0]+element[1]);
- bw.newLine();
- bw.flush();
- bw.close();
- }
- else{//如果和上一行一样的话,就是追加了
- FileWriter writer = new FileWriter(element[0], true);
- writer.write(element[0]+"\t"+element[1]+"\t"+"tRNA"+"\t"+element[2]+"\t"+element[3]+"\t"+element[8]+"\t"+"-"+"\t"+"."+"\t"+"ID="+element[0]+element[1]);
- writer.write("\n");
- writer.close();
- }
- line=tRNA_read.readLine();
- last_name=element[0].substring(0, element[0].length());
- System.out.println(last_name);
- }
- }
- }
--4> 在配置的时候，终端运行会很长时间，如果网络问题还是怎么地突然中断，那么之前的工作就白瞎了，所以保险起见用 screen 命令，如果已经知道这招请无视我，我是学渣。
在终端输入screen ，这时候进入一个新的界面，在这里执行 ./XXXX.sh 命令进行配置
这时候即使是终端退出，screen 的会话也不会被中止，只需要再次启动终端，进入screen就可以了。
离开 screen 界面 按ctrl+a+d
查看多少screen: screen -ls
当查看screen 后，每个screen前面有ID号，如果要启动其中的screen ： screen -r ID
当执行 screen -r ID 不能恢复的时候，可以先试一下 screen -d ID ,然后再恢复。
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发表于 2012-4-5 13:37:39
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发表于 2013-12-10 17:51:30
