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楼主: xmubingo
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序列比对工具之BLAST

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11#
发表于 2013-7-31 00:00:58 | 只看该作者
对于BLAST+,如果查询序列比较短(比如20左右),结果将什么都得不到,这时候要用:
blastn -task blastn-short
比如:
blastn -task blastn-short -query slrna.fa -db contig.fa -out sl2contig.blast6 -outfmt "6 qseqid qlen sseqid slen qstart qend sstart send evalue length mismatch gaps"
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12#
发表于 2013-8-23 08:37:21 | 只看该作者
http://www.comp.hkbu.edu.hk/~chxw/software/G-BLASTN.html

一个基于GPU的BLASTN,大家谁到66上试一下,写文档有重奖!
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