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ion torrent 和 GS junior比较!

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楼主
发表于 2011-12-7 12:34:18 | 只看该作者 回帖奖励 |倒序浏览 |阅读模式
ion torrent 和 GS junior这两款机器那个综合性能更好?
用途 细菌基因组测定
        转录组
        SNP 和SSR开发


对以上应用,读长和通量,那个更重要?

测序准确度 两款机器有没有什么质的不同?当遇到单碱基或多碱基重复时?
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沙发
发表于 2011-12-8 22:58:58 | 只看该作者
细菌基因组测定最好的是junior,转录组测序,我不知道你测的是什么物种,已知物种,建议最好用illumina 的miseq,如果是未知物种,你上面提到的两款一起都做不了,一般转录组测序要测3-6G的数据,以上两款仪器现在均为达到1G的数据,如果要做,建议用illumina的hiseq2000来做,这个属于主流,现在几乎所有的服务公司,都是用illumina的测序仪,SNP和SSR的开发,根据实验目的不同,应用也不同,miseq,ion torrent,和junior这三款,都可以,但是后两者操作起来过于复杂,emutionPCR很难掌握,和以前的SOLiD一样,用的效果不是很好。miseq的技术使用的和hiseq2000一样,直接拿来用就行,另外,据我了解,miseq上面集成了illumina公司自己的很多分析软件,其中有一块就是用来做amplicon的,专门用于比对扩增子之间SNP和SSR。
另外对于你提出的poly结构的问题,ion和junior都没办法很好解决,最多读到7-8个,就不行了,虽然承诺的很多,但是几乎做不到,这一点miseq比较好,对于poly结构,没有问题,这主要是由于实验原理的问题,你如果想进一步了解,可以给我发邮件,关于这三款仪器的资料,我这里非常全。呵呵。been_3000@msn.com
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