ion torrent 和 GS junior比较！

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ion torrent 和 GS junior这两款机器那个综合性能更好？
用途 细菌基因组测定
        转录组
        SNP 和SSR开发


对以上应用，读长和通量，那个更重要？

测序准确度 两款机器有没有什么质的不同？当遇到单碱基或多碱基重复时？

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细菌基因组测定最好的是junior，转录组测序，我不知道你测的是什么物种，已知物种，建议最好用illumina 的miseq，如果是未知物种，你上面提到的两款一起都做不了，一般转录组测序要测3-6G的数据，以上两款仪器现在均为达到1G的数据，如果要做，建议用illumina的hiseq2000来做，这个属于主流，现在几乎所有的服务公司，都是用illumina的测序仪，SNP和SSR的开发，根据实验目的不同，应用也不同，miseq，ion torrent，和junior这三款，都可以，但是后两者操作起来过于复杂，emutionPCR很难掌握，和以前的SOLiD一样，用的效果不是很好。miseq的技术使用的和hiseq2000一样，直接拿来用就行，另外，据我了解，miseq上面集成了illumina公司自己的很多分析软件，其中有一块就是用来做amplicon的，专门用于比对扩增子之间SNP和SSR。
另外对于你提出的poly结构的问题，ion和junior都没办法很好解决，最多读到7-8个，就不行了，虽然承诺的很多，但是几乎做不到，这一点miseq比较好，对于poly结构，没有问题，这主要是由于实验原理的问题，你如果想进一步了解，可以给我发邮件，关于这三款仪器的资料，我这里非常全。呵呵。been_3000@msn.com。