陈聪-2016.4.29组会-基于遗传算法的进化树预测

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标题：陈聪-2016.4.29组会-基于遗传算法的进化树预测（Phylogeny Inference Base on Evaluation Algorithm）
报告人：陈聪
摘要：进化树是通过分析物种的特征来追溯物种之间亲缘关系的重要手段，但是由于类群数量的增多，所构建的进化树的种类成指数级增长，评价耗时。而遗传算法的优势在于可以处理大量个体，寻找全局最优解系。文献[1]主要讨论了如何使用遗传算法解决进化树推测问题，并在选择、变异、交叉介绍了所用的基本操作（SPR、NNI、TBR等）。
文献[2]在文献[1]的基础上提出了两个主要创新点：
（1）    引入超种群（Meta-population）的概念将多个种群一起参与进化。
（2）    引入同剪枝（Consensus Pruning）手段区分进化不同部分的重要程度。
实验结果表明，这种方法较传统遗传算法具有较好的效果和较短的时间。
该团队研发了配套的软件，在文献[3]中给出软件的详细信息及使用方法。


参考论文
[1]Lewis, P. O. (1998) Mol. Biol. Evol. 15, 277-283.
http://mbe.oxfordjournals.org/content/15/3/277.full.pdf
[2]Alan R. Lemmon†，Michel C. Milinkovitch‡. The metapopulation genetic algorithm: An efficient solution for the problem of large phylogeny       estimation.PNAS
August 6, 2002
vol. 99
no. 16
10521.
http://www.pnas.org/content/99/16/10516.full
[3]METAPIGA v2.0: maximum likelihood large phylogeny estimation using the metapopulation genetic algorithm and other stochastic heuristics.
http://bmcbioinformatics.biomedc ... 86/1471-2105-11-379

软件下载地址：http://www.metapiga.org/

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