参数设置低于0.4下的CD-HIT

shixiang

CD-HIT自今年上半年的更新起，已支持阈值参数设置低于0.4。参数低于0.4情况下要用psi-cd-hit.pl命令，这个命令通过blast+来代替它原来的k-mer比对序列，摆脱限制。因此，要使用这条命令，需要提前安装blast并将安装路径加入PATH变量。

1. 安装blast+并将其加入PATH变量：http://bbs.malab.cn/forum.php?mo ... amp;highlight=blast

2. 将psi-cd-hit.pl所在路径加入PATH变量，这一步不是必须的，但是这样做能够在任意路径使用CD-HIT。

3. 执行命令：

psi-cd-hit.pl -i noClass.txt -o noClass_0.3.txt -c 0.3 -para 2

-i: 输入文件；
-o: 输出文件；
-c: 阈值参数；
-para: 并行核心数量。
-prog: 选择blast的命令，默认为blastp，用于蛋白质序列，如果输入为核酸序列，要使用blastn。


目前99服务器、131服务器上都已配置好psi-cd-hit，直接敲psi-cd-hit.pl就有所有能够使用的参数说明，如果没有响应，敲命令“source /etc/profile”使环境变量更新生效。

zouquan

非常好